フォルダ内に保存されたファイルは、それぞれ「名前」や「サイズ」、「種類」や「更新日時」といった項目で並べ替え(ソート)できます。また、フォルダごとにファイルの表示方法は設定できます。
◆ 第176回
ファイル表示方法の「使い分け」
http://www.724685.com/weekly/qa050615.htm
※ いつもフォルダを開いたとき、自分が一番使いやすい表示方法
になる設定手順も紹介しているので参考にしてみてください。
たとえば「名前」順に並べ替えたい場合、分かりやすいのはファイルの表示方法を【詳細】にして、上部に並ぶ「名前」「サイズ」「種類」といった項目から「名前」をクリックすれば五十音順に並べ替えられます。

※ Windows Vista の場合、フォルダ内のファイルの表示方法に関係
なく、上部に表示項目が並んで表示されるようになりました。
また、ファイル名がバラバラで整理が難しい場合は、ファイル名の頭に数字で「001-***」「002-***」「003-***」... といった具合に付けて名前を変更しておけば、きれいに並べ替えて整理することができます。
※ 「名前」で並べ替えると順番は「数字」−「アルファベット」−
「ひらがな/カタカナ」−「漢字」となるので、整理をするなら
名前の頭に「数字」をつけるのが一番、スマートです。
同じ名前でいくつもファイルを保存する必要がある場合は、保存した日付を後ろにつけることで、並べ替えが楽になります。

◆◇◆
ファイル数が多いと、ファイル名をひとつずつ「名前の変更」を使って変えるのは面倒なので、ファイル名を一括変更できる各種フリーウエアがあり「窓の杜」でも紹介されているので試してみるといいでしょう。
◆ 窓の杜 - リネーム
http://www.forest.impress.co.jp/lib/sys/file/filerename/
※ いつものように、フリーソフトは自己責任でお使いください。
エクスプローラ風の画面に表示されたファイル名のリストを「テキスト文書」として編集できる
「bkrename」 などは、とても使いやすいです。

※ 「bkrename」は Windows XP/2000 対応です。ご注意ください。